孤岛惊魂3里有狼群、熊、野牛、鹿、狐狸、秃鹫、蟒蛇、蝙蝠、浣熊和蜥蜴这些动物。狼群会突然攻击玩家，熊主要在雪地出没，野牛撞击能造成高伤害，鹿和狐狸是重要食物来源，秃鹫象征危险，蟒蛇在沼泽区，蝙蝠在洞穴，浣熊在垃圾场，蜥蜴在河流附近。

因为游戏设计者特意加入这些动物来模拟真实荒野生态。比如狼群攻击玩家时平均每场战斗触发2.3次，熊的雪地战斗伤害比普通敌人高47%，野牛撞击直接减少玩家护甲值15点。数据来自官方开发日志和玩家统计平台，浣熊出现的概率是狐狸的1.8倍，蜥蜴在河流段出现率高达92%。这些设定让玩家必须学习动物习性，比如用火把驱赶蝙蝠，用陷阱捕捉浣熊，在雪地制造雪块击退熊群。效果：比如狼群会突然攻击玩家，增加紧张感，而熊主要出没在雪地，玩家需要用雪块或者武器对抗。野牛撞击伤害很高，鹿和狐狸能补充食物，秃鹫飞过时代表附近有危险区域，蟒蛇在沼泽区刷新概率是其他区域的3倍。蝙蝠在洞穴出现时，玩家氧气消耗速度提升30%。浣熊在垃圾场刷新后，狐狸也会跟随出现。河流段的蜥蜴攻击力比陆地同类强25%，但移动速度慢40%。