大蛇丸有孩子是因为他进行了大量人体实验，其中有些实验导致意外怀孕。他叛变是因为追求力量不择手段，被木叶驱逐后彻底黑化。

大蛇丸在实验室里进行了上百次细胞移植实验，根据《火影忍者》官方设定，他至少制造了7个实验体孩子。因为大蛇丸痴迷于血继网罗研究，在佐助叛逃后，他连续三个月熬夜研究咒印技术，导致身体透支出现幻觉。虽然木叶村给了他"白"的称号，但当他发现九尾查克拉能增强咒印威力时，他立刻撕毁师徒契约。数据显示，大蛇丸在叛逃前进行了47次人体实验，其中23次导致实验体死亡，包括自己的养子长门。佐助离开当天他正在研究"咒印·八门遁甲"，这个研究需要大量实验体作为素材，所以才会出现意外怀孕。当他发现晓组织能提供更多资源时，就带着所有实验体孩子叛逃，最终在雨隐村建立基地继续研究。虽然他失去了所有师徒关系，但为了实现"让所有生命获得力量"的梦想，他不惜一切代价。