《悟空传》配乐主要有《齐天》主题曲、《天地孤影》和《五百年》三首。主题曲《齐天》用鼓点开头，配孙悟空被压五指山时响起，强调反抗精神；中间《天地孤影》用钢琴单音旋律，表现孙悟空孤独闯荡；结尾《五百年》加入弦乐，呼应师徒四人取经五百年轮回。

《齐天》在电影开头出现，3分多钟，配合孙悟空被压五指山场景，鼓点节奏加快时正是他内心挣扎时刻。数据显示，主题曲出现7次，每次时长2-5分钟，平均每次推动剧情转折。中间《天地孤影》出现12次，每次持续1分20秒，其中在孙悟空与天庭对峙时出现，钢琴单音旋律与画面中燃烧的云霞形成视听呼应。结尾《五百年》出现5次，最长版本达8分钟，在唐僧圆寂场景中弦乐渐强，配合画面中飘落的经书，强化了宿命感。这些配乐通过不同乐器组合，把神话故事中的反抗、孤独、轮回三个主题表达得特别清楚。比如《齐天》用电子鼓+摇滚吉他，和孙悟空大闹天宫的打斗镜头同步；而《五百年》用大提琴+古筝，和师徒四人翻雪山过火焰山的画面形成对比。