武藏的小精灵主要是合众地区的宝可梦比如皮卡丘喷火龙这些经典角色还有可达鸭这样的地方特色精灵。皮卡丘作为主角精灵登场次数最多喷火龙在进化后能变成暴鲤龙和电龙这些形态变化也特别多可达鸭因为戴帽子造型被玩家们广泛传播成网络梗。合众地区的图鉴总数是720种比前作多了很多新精灵比如电系的新特性"感电"和冰系的"冰冻光束"这些技能让战斗更有趣。

武藏地区的小精灵数量多是因为游戏设计者特意增加了新元素比如在阿罗拉地区有特殊形态的宝可梦而合众地区则通过"精灵图鉴"系统让玩家能收集更多种类的宝可梦。根据《宝可梦水晶版》游戏数据合众地区共有879种宝可梦但图鉴只能收录720种这意味着有159种需要特殊条件才能看到比如可达鸭需要完成特定任务才能获得。皮卡丘作为主角精灵在动画里登场了728集超过总集数的三分之一暴鲤龙和电龙在进化剧情中分别有38集和52集的专属篇章。可达鸭的梗最早出现在2011年宝可梦官网活动里玩家通过收集帽子获得可达鸭这个设定让可达鸭成为合众地区最具人气的精灵之一。