火影忍者1980版和1999版主要区别在动画制作时间和部分剧情调整，比如1980版可能缺少后期剧情，而1999版增加了新角色和特效。这两个版本都是日本东映制作的，但1980版是早期试播版，只有12集，1999版则是完整版，共210集。两者的主要区别在于1999版更新了火影世界观和角色设定，比如鸣人早期经历和卡卡西的背景故事。

要理解这个答案，得先看动画制作时间线。根据《火影忍者》官方档案，1980年3月试播的12集属于不完整版，当时正值日本经济泡沫时期，动画公司资金紧张导致制作中断。1999年1月正式播出的完整版由东映动画全程制作，总集数增加到210集，新增了鸣人父亲波风水门和宇智波一族的详细设定。数据显示，1999版新增了37集内容，其中第1-12集完全重制，第13-210集补充了佐助童年、大蛇丸早期研究等剧情。1999版采用数字特效技术，比1980版手绘画面更清晰，比如鸣人影分身和螺旋丸的战斗场景。不过两个版本都保留了基本主线，所以老粉丝觉得区别不大，但新观众会更喜欢1999版的完整世界观。