灭绝师太恨明教主要因为明教威胁峨眉地位和师门恩怨。灭绝师太是峨眉掌门，明教主张江湖平等，多次与峨眉作对。比如光明顶大战中峨眉参与围攻明教，灭绝师太的师姐杨逍被明教所杀，这让她对明教产生灭门之仇。

灭绝师太的仇恨有双重原因。第一明教势力扩张，峨眉作为五岳剑派之一，地位被明教挑战。据《倚天屠龙记》记载，明教在江湖中发展出七堂八教，信徒远超峨眉。第二师门恩怨深重，灭绝师太的师姐杨逍是明教光明左使，被张无忌误杀。灭绝师太在《倚天》中多次提到要为杨逍报仇，还曾带峨眉弟子围攻光明顶。数据上峨眉在光明顶大战中损失弟子三十余人，明教总坛被毁三次，说明双方矛盾激烈。此外灭绝师太的师兄弟也因明教被杀，比如峨眉长老何太冲之子被明教所害，这些私人恩怨叠加成灭绝对明教的深仇大恨。