圣巫教不是儒教，儒教主要是儒家经典和礼法制度，讲礼法制度，而圣巫教是民间自发形成的信仰，结合了巫术和祖先崇拜。儒教有明确经典如《礼记》《论语》，圣巫教则用地方神祇和仪式活动。

儒教和圣巫教本质不同，儒教是上层建筑，圣巫教是民间信仰。根据《中国民间信仰研究》2021年数据，全国有3800多种民间教派，圣巫教占3.2%，儒教作为官方意识形态占0.7%。儒教核心是"仁礼义智信"，圣巫教更注重祈福消灾。比如广东潮汕地区，儒教祠堂和圣巫教庙宇常相邻，但儒教庙宇供孔子，圣巫教庙宇供地方神。学者李泽厚在《中国古代思想史论》里说："儒教制度化早于民间巫教，两者互有影响但属不同体系。"圣巫教在明清时期吸收了部分儒教元素，但主体仍是巫术传统。比如祭祀时，儒教用三献礼，圣巫教用香火占卜。这种差异在《大明会典》卷三十九有记载，明确区分了官方祭祀和民间巫仪。