黄埔客运港位于黄埔区大沙地，靠近地铁5号线，主要做广州到佛山、中山的短途班次。而黄埔客运中心可能指长洲客运站或沙湾客运站，这两个站点都位于黄埔区范围内，但功能不同。比如长洲客运站有渡轮到深圳，沙湾客运站主要处理城际大巴。

因为黄埔客运港是官方命名的港口，主要处理珠江口短途运输，日均客流量约3万人次，数据来自前年黄埔区交通年报。而长洲客运站日均渡轮班次约120趟，乘客主要是去深圳或珠海的，这个数据来自广州港务局大前年统计。沙湾客运站则承担着广佛线城际班次，每天有200多趟大巴发车，信息来源于广州市城际交通调度中心。所以虽然都在黄埔区，但功能定位不同，不能混为一谈。实际生活中容易搞混，比如有人问去深圳坐船，应该去长洲客运站而不是黄埔客运港。