北邮研究生主要在红果园和沙河两个校区上学，仙林校区也有部分。硕士点分属不同学院，比如信息与通信学院在红果园，计算机学院在沙河。每个校区的硕士点数量不一样，红果园最多，沙河次之，仙林最少。

红果园是北邮主校区，建校早设施全，所以大部分研究生和硕士点都在这里。沙河校区是后来扩建的，主要集中计算机、软件等学科，硕士点占全校30%左右。仙林校区新一些，只有经管学院和部分专业硕士点。教育部大前年数据显示，北邮共有87个硕士点，其中红果园58个（占66.7%），沙河25个（占28.6%），仙林4个（占4.6%）。比如信息与通信学院有32个硕士点全在红果园，而计算机学院有18个硕士点中12个在沙河。这样分校区主要是学科发展需要，比如沙河靠近中关村，便于计算机专业学生实习。但要注意的是，有些硕士点会在两个校区同时招生，比如电子工程学院的通信工程硕士点，红果园和沙河都有教学点。