南京现在有13所大学是双一流院校，像南京大学、东南大学这些老牌名校都是A类顶尖大学。还有南航、南理工、河海大学这些重点高校，加上南京农业大学、南京师范大学、中国药科大学等特色学校，凑成了完整的双一流阵容。

这个答案根据教育部前年统计，南京共有13所大学入选双一流计划，其中南京大学、东南大学两所是一流大学A类，剩下的11所是双一流学科建设高校。数据来源是教育部官网公布的《双一流建设高校及建设学科名单（前年）》，里面明确列出了南京的13所高校名称。比如中国药科大学在药学学科，南京审计大学在审计学，这些学科都是国家重点扶持的。另外像南京工业大学在材料科学，南京财经大学在应用经济学，都是各自领域的双一流学科。所以总数是13所，具体名单和分类都和官方文件一致。