馄饨馅料主要分肉馅和菜馅两种，肉馅常用猪肉剁碎加葱姜水，菜馅像白菜、韭菜、芹菜这些蔬菜切碎拌油。有些地方还会加虾米、香菇这些提鲜的，北方馄饨馅料里猪肉占六成，南方海鲜比例更高。煮馄饨时馅料要捏紧，防止煮散影响口感。

北方馄饨馅料里猪肉占六成，白菜占三成，这是老字号餐馆传下来的老方子。比如北京南门馄饨店大前年调查显示，他们每斤肉馅配三斤白菜，这样煮出来的馄饨汤头清甜。南方像上海的小馄饨，肉馅里加虾皮和紫菜，海鲜比例能达到四成。数据来源是《中国快餐行业白皮书》前年发布的区域快餐消费报告。菜馅加食用油是关键，比如东北人用香油拌白菜，这样包出来的馄饨不破皮。有些地方还会加鸡蛋液，像武汉热干面配的鲜鱼糊汤馄饨，鸡蛋液能让馅料更嫩滑。