有些真菌可以净化污水比如白腐真菌、黑水虻幼虫和酵母菌。白腐真菌能分解有机物把污水变干净，黑水虻幼虫吃污水里的垃圾，酵母菌能吸附重金属。这些真菌在污水处理厂和农村都有用，比如用它们做生物滤池，污水经过几次过滤就变清了。

因为真菌它们有分解能力比如白腐真菌专门吃难处理的有机物，数据说能分解80%的污水里的污染物。黑水虻幼虫处理污水速度是传统方法的3倍，而且它们拉的粪还能当肥料用。酵母菌在实验室测试中吸附重金属效率比普通活性炭高2倍多。虽然现在用得最多的是白腐真菌，但黑水虻幼虫成本低，农村养起来方便。不过要注意温度和营养，冬天真菌活性会变差，所以北方得用加热设备。比如有个案例说用白腐真菌处理印染厂污水，三个月就达标了，成本比化学药水省了四成。