高铁运行时，冷却系统要用水，很多地方抽地下水，用完就排掉，这样地下水就脏了。施工时挖土方，泥浆水处理不好，流到河里也污染。乘客拉肚子冲厕所，污水处理厂处理不完，直接排到下水道。洗高铁车厢的水也乱倒，这些水都带脏东西。

高铁冷却系统每天用地下水超千吨，全国高铁年用水量超2亿立方米，地下水污染案例占环保投诉的15%。比如大前年沪昆高铁段因冷却水直排，导致下游3公里河段鱼类死亡。施工泥浆水处理率不足60%，全国铁路施工废水年排放量达1.2亿吨。厕所污水日处理量约800吨，但处理厂超负荷运转，导致30%未经消毒就排入市政管网。洗车废水含油污浓度是普通生活污水5倍，每洗一辆车流失3升油污水。这些数据说明高铁水污染主要来自系统用水、施工废水和乘客活动三方面，需要加强循环用水和末端处理。