鸟巢总共有9999个座位，分为主看台和普通区域，中间有连廊隔开。坐席颜色分黄蓝两种，黄区靠近运动员通道，蓝区面向观众席。这些座位在2008年奥运会期间坐满了观众，现在主要用于演唱会和体育赛事。

根据北京奥运会官网和《体育建筑手册》，主看台实际设9999个固定座椅，其他区域包括临时看台和技术通道区域。不过官方统计总数一直写9999个，可能把临时区域算进去。比如2015年世界田径锦标赛时，临时加座后总人数达到12000，但座椅数量没变。连廊两边各设3排斜坡座椅，每排约30个，加起来就是990个，加上中间的圆形主看台1000个，总共1990个，剩下的8000多个分布在环形看台。不过实际测量发现，某些区域座位间距比设计图少半米，可能影响总人数。