斑马鱼平时喂专用饲料，像颗粒饲料或环形饲料，这种饲料营养均衡，容易消化。活体饵料像水蚤、丰年虾也常喂，水蚤蛋白质含量高，能促进鱼苗生长，丰年虾的卵黄适合繁殖期。偶尔喂面包虫这种大虫子，但得切成小块，不然鱼吞不下。每次喂食控制在五分钟吃完，吃不完要捞出来，不然残饵会污染水质。

因为斑马鱼是杂食性鱼类，需要搭配不同食物满足需求。专用饲料占喂食量七成，活体饵料占两成，面包虫偶尔当零食。水蚤蛋白质含量达60%，是幼鱼最佳食物，实验数据显示连续喂食水蚤的斑马鱼成活率比喂鱼食的高15%。丰年虾卵黄中的胆碱能促进繁殖，繁殖期喂食后受精率提升20%。面包虫虽好但脂肪高，喂食后水温会上升0.3-0.5度，要注意换水。而且喂食时间要在早晚各一次，中午高温时停食，这样鱼才不会消化不良。残饵在水中停留超过六小时就会滋生细菌，所以必须及时清理。