要保存红曲米酒不发酸得做好三件事：第一密封保存放在阴凉处阴凉处避免阳光直射，第二每天开盖换气五分钟，第三用干净纱布过滤酒液。坛子装满酒液不留空隙，坛口用棉布盖住再扣个罐子压紧。如果发现酒面有白膜或出现酸味，马上煮沸杀菌。

红曲米酒容易发酸是因为杂菌繁殖，而正确操作能有效抑制它们。红曲米在发酵时会分泌有机酸，pH值降到4.5以下，这时候如果温度超过25度，空气中的醋酸菌就会大量繁殖。实验数据显示，密封保存的酒在15℃环境下，杂菌滋生速度比常温降低80%。每天开盖换气能消耗酒精挥发产生的二氧化碳，同时让氧气进入抑制乳酸菌。用纱布过滤能阻挡飞虫和灰尘，减少杂菌附着点。红曲米本身含有的红曲霉能分泌抑菌物质，但需要酸性环境才能起作用，如果酒液变酸说明环境已经不适宜红曲霉生存，这时候杂菌就会占据优势。