日本有三种比较有名的本土猫种，第一种是日本短尾猫，这种猫尾巴特别短，性格温顺像小猫咪；第二种是三花猫，毛色像穿花袄，日本女性特别喜欢养；第三种是招财猫，耳朵朝前像招钱，商家都挂它当吉祥物。日本短尾猫是唯一纯本土品种，其他两种更多是民间文化符号。

日本短尾猫是日本独有的，从绳文时代就有记录，现在全国养这种猫的人超过百万只。三花猫的性别比例很特殊，雌性概率占75%，因为X染色体携带三花基因，日本猫协会大前年统计显示全国有380万只。招财猫的流行要从江户时代说起，德川家康推广过，现在全国有50万家商铺挂它，京都清水寺的招财猫尤其有名。这些品种都跟日本历史、文化紧密相关，短尾猫基因检测发现和当地野猫有80%相似度，三花猫的基因突变发生在平安时代，招财猫的铜像最早出现在1603年。