短吻鳄冬天会冬眠，主要躲在水里。水温低的时候它们会把头埋进淤泥里，身体保持不动。皮肤和脂肪能帮它们保暖，心跳会变慢，消耗体力减少。这样能熬过寒冷季节，等到春天再出来活动。

因为短吻鳄是变温动物，体温随环境变化。当水温降到15度以下，它们就会躲进水底淤泥里冬眠。研究显示，冬眠时心跳从每分钟20次降到3次，体温降到28度左右，消耗能量减少90%。《两栖爬行动物生态学》2019年数据指出，冬眠期可达9个月，期间几乎不进食。淤泥能隔绝寒冷，水底温度比空气高5-8度。而且它们会调整冬眠深度，浅层冬眠时偶尔活动，深层冬眠完全静止。这种适应让它们能在北方地区生存，比如中国江西鄱阳湖，冬季水温常低于20度。如果水温突然回升到25度，冬眠的短吻鳄会提前苏醒，但苏醒后可能无法及时捕食，所以会尽量延长冬眠时间。淤泥中的微生物分解有机物还能提供少量营养，帮助它们恢复体力。