马尼拉是南海的海域，附近有马尼拉湾和帕西格河。马尼拉湾是南海的支流，帕西格河从吕宋岛北边流到马尼拉湾入海口。马尼拉市就在马尼拉湾西边岸上，周围海水咸淡水混合，形成独特的咸淡水交界区。

马尼拉属于南海因为南海覆盖菲律宾全境，菲律宾2019年公布南海部分海域属于国家管辖。根据菲律宾海洋局数据，南海总面积约356万平方公里，其中马尼拉湾面积3,500平方公里，是南海最北端的浅海。帕西格河全长70公里，每年携带约1.2亿吨泥沙注入马尼拉湾，导致湾内淤积速度每年达3厘米。咸淡水交汇处溶解氧含量比南海其他区域低15%，适合中华白海豚等特有物种生存。马尼拉湾西岸的淤泥质海岸线长达25公里，是菲律宾重要的渔业和港口区。