马耳他人种是北非和欧洲混血形成的人类群体，他们祖先来自柏柏尔人和罗马人。地理隔离迁徙让不同族群基因融合，形成独特体质特征。

因为马耳他岛位于地中海东西交通要道，古罗马帝国统治时把北非柏柏尔人迁到岛上。2015年研究显示北非成分占30%，欧洲25%，亚洲15%。后来阿拉伯人入侵带来中东基因，形成现在马耳他人种。地理隔离迁徙和多次外来族群混居是主要原因，数据来自《人类遗传学》期刊。