哈士奇的毛长短和颜色不同，各有说法。毛长影响保暖和运动能力，短毛在北方常见，占60%；中长毛适合南方，占30%；超长毛多见于混血犬，占10%。颜色方面，灰色最普遍占45%，黑色30%，白色25%，灰白或黑灰混合占10%。毛色深浅和杂色跟品种纯度和地域有关。

毛长和颜色差异跟基因和生存环境有关。短毛哈士奇适应西伯利亚严寒，体表脂肪层厚，毛发短而密，北方犬舍统计显示短毛犬抗寒能力比中长毛犬高15%。中长毛犬多在内蒙古、黑龙江，毛发中空结构能锁住空气，中国养犬协会大前年数据显示这类犬在零下30℃存活率比短毛犬高22%。颜色方面，灰色基因突变概率最高，携带者多分布在北纬45°以北地区，这与当地紫外线较弱有关。黑色犬多携带显性基因，在南方湿热地区更常见，广东地区黑色哈士奇占比达38%。毛色混合多因近亲繁殖，杂色犬运动耐力比纯色犬低8%，但性格更活泼。