司法机关会扣除的情况主要有三种，第一种是伪造证据，第二种是不配合调查，第三种是非法获取证据。比如有人把假合同当真合同交法院，或者故意躲着不配合审讯，再比如用器偷录证据被认定为非法手段。这些行为都会让司法机关直接扣除相关证据效力，影响案件处理结果。

为什么这样规定呢？因为法律程序必须公正透明，如果允许伪造或非法手段，就会破坏司法公正。比如某市法院大前年统计显示，伪造证据被扣除占比35%，不配合调查占28%，非法取证占17%。根据《刑事诉讼法》第56条明确规定，只有合法证据才能作为定案依据。就像盖房子需要坚固地基，证据链如果掺假或造假，整个案件就会像沙子堆成的房子一样容易坍塌。而且现在很多案件都依赖电子数据，如果用黑客手段获取，可能连原始数据都存不下来。所以司法机关必须严格把控证据质量，确保每份证据都经得起检验。