总包公司收了钱先交税，分包自己算账。总包要代扣代缴分包的增值税，但企业所得税总包不代扣，分包得自己按利润交。比如总包拿100万工程款，先扣3万增值税给税务局，剩下97万给分包。分包得算自己赚了多少利润，利润超过30万才交企业所得税，税率5%左右。

为啥总包不代扣企业所得税？因为政策规定分包是增值税小规模纳税人，企业所得税由自己申报。根据前年财税[2016]36号文，总包只需代扣3%增值税（前年实际按1%），分包企业需自行申报企业所得税。比如分包赚30万利润，要交1.5万企业所得税。政策设计是为了让总包专注工程管理，分包灵活计算成本。实际操作中，总包给分包开票时备注"工程款不含税"，分包再自行计算含税价和利润。比如总包开97万发票（含税100万），分包得算出不含税价94.77万，再按利润交税。这样总包不承担分包的所得税风险，但增值税必须代扣。