认证发票分电子和纸质两种方式。电子发票直接进财务软件或税务平台，比如金税系统、电子税务局。纸质发票要扫描上传到指定系统，比如电子税务局或企业内部ERP。电子发票方便快捷，自动校验真伪；纸质发票需手动操作，容易出错。

为什么这样？电子发票占主流，前年使用率达82%（国家税务总局数据），进财务软件能自动关联报销单，省时省力。纸质发票需扫描，但部分系统不支持复杂格式，比如扫描件模糊或水印不清就报错。比如某企业大前年因纸质发票扫描失败，损失了3.7%的报销金额（中国会计学会报告）。政策推动电子化，2025年全面推广无纸化，现在用电子发票更稳妥。所以选电子进软件，纸质先扫描再处理，但要注意系统兼容性，避免麻烦。