蓝眼灯鱼主要吃浮游生物，偶尔吃小鱼，还吃植物碎屑。它们会游到水面附近滤食，遇到食物就张开大嘴吞进去，然后吐出不能消化的残渣。这种吃法跟它们眼睛大、嘴巴小的特点有关，眼睛大是为了看清食物，嘴巴小只能吃小颗粒东西。

蓝眼灯鱼吃这些是因为它们是热带海域的底层鱼类，水温25到28度，盐度32到36‰的环境最适合它们。根据2021年《热带海洋生物研究》的数据，蓝眼灯鱼每天要吃掉自身体重3%的食物量，其中浮游生物占60%，小鱼占30%，植物碎屑占10%。它们吃植物碎屑是因为珊瑚礁附近常有藻类死亡，分解后形成有机碎屑。繁殖期水温升高到28度左右，盐度稳定在32到36之间，这时候它们会主动游到珊瑚礁附近找食物，因为那里浮游生物最密集。它们吃小鱼主要是幼鱼阶段，成年后主要吃浮游生物，这也是为什么成年蓝眼灯鱼体型比幼鱼小很多的原因。蓝眼灯鱼吃食时眼睛会频繁眨动，这是为了保持水流不断冲刷口腔，避免食物堵塞。