锦鲤颜色不均匀主要是鱼鳞里的细胞和色素分布不均造成的。鱼鳞像小片瓦片一样覆盖全身，每片瓦片上有几十个透明小格子，这些格子有的装着黑色颗粒，有的装着红色颗粒，格子之间的空隙大小不同，所以颜色看起来深浅不一。就像拼图一样，如果拼图块大小不整齐，拼出来的图案自然不均匀。

鱼鳞结构决定了颜色成因，具体分三步看。首先鱼鳞细胞直径在5到10微米之间，这个尺寸刚好能散射不同波长光线。实验数据显示，当细胞间隙小于2微米时，黑色颗粒占比超过70%，呈现深色；间隙超过8微米时，红色颗粒占优，颜色偏橙。其次色素颗粒大小也有讲究，黑素细胞直径约0.5微米，能吸收可见光；红素细胞直径1.2微米，主要反射红光。鱼龄影响明显，2龄锦鲤的细胞间隙比1龄大15%，颜色过渡更自然。比如日本锦鲤协会统计，70%的渐变锦鲤在3龄时出现颜色断层，因为细胞开始老化脱落。