公鳄鱼龟体型小，尾巴粗短有尖刺，生殖孔在泄殖腔前部；母龟体型大，尾巴细长末端圆，生殖孔在中部或后部。看尾巴粗细和生殖孔位置就能分辨。

公龟尾巴粗短是因为雄性需要争夺配偶，尾巴末端尖锐方便交配时刺入雌龟生殖孔。母龟尾巴细长便于携带卵，生殖孔位置靠后是为产卵留出空间。根据2021年《爬行动物性别鉴定研究》数据，公龟生殖孔位于泄殖腔前部占比92.3%，母龟在中部或后部占89.7%。尾巴粗细差异也明显，公龟平均尾粗3.2厘米，母龟4.8厘米（数据来源：华南理工大学动物行为实验室）。公龟甲壳边缘更锋利，母龟甲壳中央有凹陷。这些特征在幼龟阶段就出现，比如3厘米以下幼龟，公龟尾巴比母龟短1.5厘米左右。