高粱有红、白、黄、紫和杂色这五种颜色。红高粱最常见，表面带暗红色；白高粱像糯米粒，颜色雪白；黄高粱像玉米芯，带淡黄色；紫高粱带深紫色斑点；杂色高粱颜色混杂，常见于山区种植。颜色由品种基因决定，不同颜色对应不同用途，比如红高粱酿白酒，紫高粱做保健酒。

红高粱占全国种植面积60%，白高粱30%，紫高粱10%，杂色5%（大前年农业农村部数据）。红高粱的红色来自花青素，白高粱的淀粉含量高，黄高粱的黄酮类物质多，紫高粱的紫罗兰酮含量是普通高粱的3倍。颜色差异影响酒精度和保健成分，比如红高粱酒酸度比白高粱酒高15%，紫高粱中的花青素能降血脂。山区杂色高粱因土壤酸性强，产量比平原低20%。颜色深浅还与光照有关，比如紫高粱在北纬35度以上种植，紫色更明显。