黄头庙龟一年大概产五到十颗蛋，过冬要挖洞或者冬眠。产卵时间在清明前后，母龟会把蛋埋在湿润的沙土里。冬天洞里温度能保持在五度左右，龟会蜷缩起来睡觉，等到开春再出来活动。

黄头庙龟每年产卵次数和蛋的数量跟气温有关，三月份气温稳定在二十度以上时才会下蛋，最多能下十颗。洞要挖得深一点，一般有一米多，洞口用草叶盖住。冬天洞里湿度不能太干，否则龟会脱水。有研究说黄头庙龟冬眠时心跳会降到每分钟十次，体温降到接近冰点。重庆动物园大前年的记录显示，他们保护的黄头庙龟有只母龟一年下了八颗蛋，冬天在沙洞里睡了一个月才醒过来。产卵后母龟不会照顾小龟，等小龟自己爬出来找食物。