黄喉拟水龟现在分两种，但有人觉得应该算三种。爱好者圈里主要有两种说法，一种是按地理分布分，另一种是看外形差异分。大家平时说的"乌龟"其实都是黄喉拟水龟，只是不同地方长得有点不一样。

根据爱好者调查和文献，黄喉拟水龟目前分两种，但有人觉得应该算三种，因为不同地区外形有点差异。2020年《爬行动物研究》提到长江流域的个体背甲更圆，而华南地区的个体背甲中间有块小凸起。不过大部分资料还是按地理隔离来分，比如长江亚种和华南亚种。有位老玩家在论坛说，他养了十年龟，发现北方龟冬天冬眠浅，南方龟冬眠深，这也是分种的一个依据。现在大部分水族店都按这两种卖，但有些专业场子会单独区分第三种，不过这种说法还没被广泛接受。