黄酒变黄主要是新米储存不当发霉，加上酒曲发酵产生的物质氧化造成的。新米没晒干有水分，容易长霉斑，霉斑的色素渗进酒里。发酵时产生的氨基酸和糖分在高温下结合，像炒糖色一样变黄。存放时如果容器不干净，空气中的灰尘也会让酒液变浑浊发黄。

新米储存不当发霉容易导致颜色变深，酒曲发酵产生的物质氧化是主因。新米淀粉含量高，发酵时产生美拉德反应，就像煮肉变褐色的原理。根据《中国黄酒》数据，新米酒中多酚类物质含量是陈米的2.3倍，这些物质氧化后显黄色。酒曲中的酶在40℃以上活性增强，持续发酵3个月以上，酒液会从琥珀色加深到深褐色。储存时温度超过25℃每增加5℃氧化速度加快30%，存放3年以上颜色加深明显。容器密封不好时，空气中的二氧化硫也会加速黄酒变色。比如某酒厂实验显示，用陶坛存放在28℃环境下的黄酒，6个月后颜色比恒温20℃的深1.5个色号。