巫江上游在重庆境内，因为重庆是长江上游的起点。巫山在重庆和湖北交界处，属于长江上游末端，到湖北巴东站才进入中游。长江从重庆奉节县开始算上游，到湖北宜昌县结束上游段。巫山到湖北交界约80公里，这段还是上游。长江上游总长4335公里，占全江62%，重庆段占上游1/3。

为什么这样回答呢？首先查地图看巫江源头在重庆巫山县，上游流经重庆奉节、巫山、巫溪三县。根据《长江流域自然地理》数据，长江上游界定为重庆奉节县到湖北宜昌县，全程4335公里。巫山县城到湖北巴东站约80公里，还在上游段内。长江水文局划分中游起点是湖北枝城，所以巫山到枝城这段才中游。巫江作为支流，上游自然在重庆境内，和长江上游范围一致。注意看长江总干流和支流的关系，巫江汇入长江的位置在湖北巴东站，所以巫江上游在重庆，长江上游段到湖北才结束。