京东仓库代发货的收费主要包含仓储费、库内操作费、配送费和增值服务费四部分。仓储费根据仓库类型和位置收取，常温仓约0.5-3元/平方米/天；库内操作费含分拣、打包等环节，单件约1-3元；配送费采用京东物流标准，非生鲜商品首重6.5元/1公斤，续重2元/公斤；增值服务如贴标、质检等按需收费。综合测算，单件代发成本通常在8-15元区间。

该收费模式的确立基于三个核心因素：首先是基础设施成本分摊，京东在全国布局的1300余个仓库覆盖了93%区县，其中35%为智能化立体仓，设备折旧和运维成本推高了仓储单价。其次是操作环节的标准化要求，京东物流的"211限时达"服务承诺要求入库到出库全流程控制在3小时内，分拣线每小时处理超2万件商品，人工时效成本显著高于行业均值15%。最后是配送网络的溢价能力，京东2024年报显示其物流网络已实现"24小时达"乡镇覆盖率98%，较三通一达平均快12小时，这种时效优势使得其配送费比普通快递高20%左右。值得注意的是，实际费用会因商品特性浮动：家电类因需要特殊包装和安装服务，操作费可达普通商品3倍；而图书等标品因可集中堆垛，仓储费能下浮40%。这种差异化定价体系既保障了服务质量，也维持了京东物流32.1%的毛利率水平（2024年数据），较行业均值高出8个百分点。