京东企业店铺一件代发的费用通常在订单总额的3%左右作为基础服务费，配送费用则根据具体条件灵活调整。对于普通快递服务，首重（1公斤）费用为8元，续重每公斤2元；大件物品首重15元，续重费用相应增加。企业用户若订单金额满49元可免基础运费，非企业用户生鲜与非生鲜商品则分开计算运费。

这一费用结构的合理性源于京东物流体系的精细化运营和成本分摊机制。基础服务费3%的比例设计既覆盖了平台系统维护、订单处理等固定成本，又避免了过高收费对商家的压力，体现了平台与商家利益平衡的原则。配送费用的差异化定价则真实反映了物流资源的消耗情况：普通小件采用首重+续重模式（8元/1kg+2元/kg），与行业主流快递企业价格基本持平；而大件物品15元首重定价则考虑了分拣难度、车辆装载率等实际因素。从企业用户优惠政策来看，49元免运费门槛显著低于个人用户的99元标准，这源于企业客户通常具有更高频次的订单和更稳定的业务量，能有效降低物流边际成本。值得注意的是，京东企业购还针对企享值≥10000的高等级客户提供更优惠的运费政策（8元基础运费降至6元），这种阶梯式定价策略既能维护核心客户，也符合物流行业"量大从优"的普遍规律。从实际操作看，选择京东一件代发的企业客户平均可节省15-20%的物流成本，这主要得益于其全国分布的1000余个仓库实现的就近发货优势，以及日均百万级订单形成的规模效应。具体到区域差异，长三角/珠三角等核心经济圈因仓储密度更高，其配送费用通常比其他区域低10%左右，这种地理定价差异也客观反映了实际物流成本分布。