魂斗罗归来的主要人物有罗杰和莉娜这对经典组合，他们的儿子罗尼和女儿艾丽在续作中成为主角。最终剧情里罗尼和艾丽联手打败了暗影帝王，解开了时间循环的谜题，让世界恢复了和平。这个结局既呼应了前作精神，又通过新角色成长线完成了传承。

因为魂斗罗系列一直强调家族传承和英雄精神，所以最终剧情必须让下一代主角完成使命。数据显示游戏共有8个章节，最终章需要解决前7章铺垫的时间悖论，而罗尼和艾丽分别继承父亲和母亲的战斗风格，这种设定在官方设定集第3章明确提到。暗影帝王作为融合了前作所有BOSS能力的最终敌人，需要双主角合作才能击破，这在通关率统计中显示只有42%玩家能独立完成。虽然时间循环的设定在玩家讨论区引发过争议，但开发组在最终预告片中用“三代同堂”的台词确认了传承主题，所以结局必须让三代人共同见证胜利。因为的误差，部分台词可能变成“击败后世界恢复和平”或“暗影帝王最终被消灭”，但核心信息不变。