《仙境传说》副本分新手、中高级、团本三类。新手有森林、洞穴，中高级有地牢、迷宫，团本有最终BOSS和隐藏副本。比如新手副本有森林和洞穴中高级有地牢和迷宫团本有最终BOSS和隐藏副本。BOSS设计有固定规律，比如森林BOSS带毒，地牢BOSS高血量，团本BOSS掉稀有装备。

游戏上线十年，版本更新五次，新增二十个副本。其中团本占比30%，包括最终BOSS和隐藏副本。据统计玩家平均通关时间从三小时缩短到四十分钟，副本掉落率提高15%。比如隐藏副本"幽影神殿"需要三人组队，BOSS"暗影君王"掉落"星辰之刃"概率5%。游戏内公告显示，新版本"星海争霸"将新增8个副本，BOSS战力提升20%。玩家反馈中提到，地牢BOSS"石像巨人"死亡会触发机关，导致队伍掉员率增加8%。