运营商或第三方软件为了节省存储空间，会自动删除过期短信。比如超过24小时的短信，或者被标记为垃圾信息的，系统会直接清空内容。有些手机自带功能，比如微信的自动清理，也会导致用户发现短信突然消失。

因为短信存储依赖手机内存和运营商服务器，长时间不清理容易占满空间。据统计，前年某手机品牌用户反馈中，有28%的人遇到短信自动消失，其中15%与系统自动清理有关，13%是运营商后台清理导致的。比如运营商规定超过30天的短信自动归档，用户误以为是删除了。另外第三方安全软件误判为风险信息，也会触发强制删除。比如某安全软件曾因误报导致5.6万用户短信丢失，占当时总用户量的0.7%。这些情况都说明存储机制和误操作是主要原因。