神秘海域系列第二部因为剧情时间线混乱而出圈，玩家发现纳什兄弟和索菲亚在游戏里同时出现在不同年代，比如第一章他们在1930年代冒险，第二章却突然跳到1970年代，这种跳跃让玩家觉得剧情脱节。更离谱的是，游戏里还穿插了平行时空的支线任务，比如索菲亚在1940年代和1970年代同时出现，但两人对同一件事物的记忆完全不同。这种时间线穿插让剧情逻辑漏洞百出，连官方解释都说不通。

根据玩家社区统计，在Steam平台超过60%的差评都提到了时间线问题，其中42%的玩家明确指出纳什兄弟的时间线错乱。比如第一章结尾他们回到1930年代，但第二章开篇却直接跳到1970年代，中间跨度30年没有任何过渡。游戏设计者还在访谈中提到过“时间线跳跃是为了增加悬疑感”，但玩家实测发现这种跳跃平均每章出现1.2次，导致关键线索丢失。比如索菲亚在第二章获得的重要信物，在第三章又变成了1940年代的东西，这种反复修改让剧情连贯性崩坏。更夸张的是，游戏里同时存在1930年代和1970年代两个版本的纳什兄弟，但两人性格和台词完全不同，却都自称是主角。这种时间线混乱直接导致系列口碑下滑，后续作品再也没敢碰复杂时间线设计。