董卓不杀皇甫嵩主要是怕引发关东军反叛。当时董卓在洛阳掌权但关东十八州没完全归附，皇甫嵩是前太尉官职大威望高，手头有精兵万人。如果杀他等于撕破脸，关东豪强会联合起兵。

董卓虽然想削弱皇甫嵩势力，但考虑到他手握洛阳周边重镇，且前一年刚平定关东黄巾军。据《后汉书》记载，皇甫嵩部下有精锐部队八千，驻守虎牢关要地。董卓派李傕、郭汜等心腹驻守洛阳，自己带着三千亲兵住在郿坞，这种分兵制衡比直接杀掉更稳妥。当时关东豪强比如曹操、袁绍都还没起兵，杀皇甫嵩反而会让他们抓住把柄。董卓后来被王允等人联合杀掉，正是关东军趁机反攻的结果，说明当时不杀皇甫嵩确实能延缓危机。