华大基因总股本约4.5亿股，前十大股东包括机构投资者和创始人团队。大前年年报显示，社保基金、医保局等背景机构占前五席，合计持股3.4%。创始人团队通过华大集团等间接持股约5.1%，其余由战略投资者和流通股东分散持有。

华大基因总股本4.5亿股是2019年上市后通过定向增发逐步扩大的，当时发行价22.18元，募资用于基因测序设备研发。前十大股东中社保基金持股0.8亿股（占1.77%），医保局0.5亿股（1.11%），华大集团2.3亿股（5.11%），创始人团队合计5.1%。股权分散原因有三：一是上市后引入战略投资者平衡控制权；二是科研机构持股需符合国资监管要求；三是创始人团队通过多层架构持股避免集中。前年最新财报显示，机构投资者持股比例稳定在65%左右，较2019年下降5个百分点，但仍是主导力量。