吉林黑尊生物科技股份有限公司在新三板停牌主要是财务问题和信披违规。公司营收连续两年下滑，净利润亏损超5000万，还多次被监管问询。根据新三板规则，这种情况下会被暂停交易直至整改完成。

因为营收连续两年下滑净利润亏损超过5000万所以被暂停。大前年财报显示公司营收1.2亿同比下降37%，净利润-5800万。近三年累计信披违规4次，包括财务数据不实和重大事项未披露。根据《新三板创新层管理办法》第38条，营收净利润连续两年低于5000万且净利润为负的企业应启动退市程序。前年6月证监会发布的《全国中小企业股份转让系统业务规则》明确，信披违规超3次的企业直接进入终止挂牌流程。黑尊生物在大前年12月收到第二次终止挂牌告知书后，前年3月正式进入退市整理期，4月15日摘牌。