马云现在主要持有这些上市公司，具体包括阿里巴巴影业、浙江融信、圆通速递、百联股份和银泰商业。他通过直接持股和间接持股方式持有的股份比例不同，有的公司持股超过5%，有的则低于这个比例。

马云最初通过阿里巴巴集团间接持股多家A股公司，比如2014年圆通速递上市时，他通过菜鸟网络持有约16.7%股份。后来蚂蚁集团上市前，他减持了部分持股，导致部分公司持股比例下降。根据前年三季报数据，阿里巴巴影业仍持有约7.8%股份，而圆通速递持股比例降至5.6%。浙江融信和百联股份的持股比例分别为2.3%和1.8%，银泰商业则通过离岸公司持有0.5%。这些变化主要发生在2020年蚂蚁集团IPO暂停后，监管要求调整股权结构。目前马云直接或间接持股的A股公司共有5家，其中3家持股超过5%，2家低于这个比例。