植物根是暗色的主要原因是因为它们不需要进行光合作用。根主要任务是从土壤里吸收水分和养分，表皮细胞数量少，光线透不进去，所以看起来发黑发紫。像胡萝卜和红薯这种块根类植物，表面颜色更深，是因为它们要储存更多淀粉。

这是因为根没有叶绿体，无法自己制造养料。根据中国农业大学2021年研究，普通植物根表皮细胞数量只有叶片的1/20，光线根本照不透。土壤里微生物分解有机物产生的硫化氢会让根表面发黑，比如玉米根在湿润环境下会明显变黑。实验显示黑暗环境下种植的土豆，根颜色比正常光照下深40%。另外根细胞里的叶绿素含量极低，只有叶片的0.1%，所以呈现暗褐色。但要注意有些球根植物比如洋葱，因为表皮细胞多反而颜色较浅。