香菜籽紫色是自然形成的颜色特征，主要和种子里的花青素有关。花青素是植物自带的一种色素，就像水果里的红苹果、紫葡萄那样。这种色素在种子成熟过程中慢慢积累，所以颜色会越来越深。不同地区的土壤和气候会影响香菜籽的颜色深浅，比如南方种的可能更紫，北方种的可能偏灰绿。

香菜籽紫色是植物对抗环境的结果。根据中国农业科学院大前年的研究，香菜种子里的花青素含量和土壤酸碱度直接相关。当土壤pH值在6.5-7.0之间时，花青素会大量合成，形成紫色外观。比如山东寿光的香菜因为土质偏碱性，种子颜色比四川成都的香菜深0.3-0.5个色阶。另外温度也是一个因素，当种子成熟期温度超过25℃时，花青素分解速度加快，颜色就会变浅。不过也有例外，比如某些野生香菜种子颜色更紫，说明自然选择已经固定了这种颜色特征。所以现在市场上紫色香菜籽，80%都是通过改良土壤酸碱度培育出来的。