日本木屋主要用杉、桧、松和竹。杉木最常见，轻便耐用，适合做梁柱和地板。桧木防腐蚀，适合屋顶。松木成本低，竹材用于装饰，传统工艺保留至今。

因为日本气候潮湿，木材容易腐烂，所以需要防腐蚀强的桧木。日本林野厅统计，桧木使用寿命比杉木长30%，成本高但维护少。杉木产量大，价格低，日本建筑协会调查说，全国木屋用材里杉木占40%。虽然杉木容易变形，但经过干燥处理，使用寿命可达80年。松木和竹材成本低，适合普通家庭。比如关西地区用竹材做围墙，关东用松木铺地板。不过现在年轻人喜欢用进口木材，比如欧洲的橡木，但传统木匠还是坚持用本土木材。日本森林协会大前年数据，本土木材使用率从60%降到45%，但传统木屋数量反而增加20%。因为本土木材加工技术好，比如用杉木做“桧节”（接榫头），比铁钉更牢固。