发酵酒的颜色主要看原料和发酵时间，红曲米做的酒偏红褐色，酒曲发酵的酒颜色较浅带金黄。红曲米自带色素，发酵时把糖分转化成酒，颜色就跟着变深。酒曲里含酵母菌和酶，把糖分分解成酒精，颜色就不会太深。比如米酒用红曲米发酵三天，酒体就呈琥珀色；用普通酒曲发酵七天，颜色就淡很多。

红曲米颜色深是因为含有天然色素，比如红曲红素和花青素，这些成分在发酵过程中不会被分解。根据《中国酿酒工艺》数据，红曲米使用率约15%，其发酵时间每增加一天，酒体吸光率（380-600nm波段）就上升0.8-1.2个单位。而普通酒曲发酵时，酵母菌优先分解糖分里的果糖和葡萄糖，产生的酒精度较低（通常低于12%vol），残留的还原糖会吸收更多可见光，所以颜色较浅。发酵温度也会影响，红曲米发酵温度控制在28-32℃时，色素转化效率最高，这时候酒体透光率（450nm波段）比常温发酵低22%。比如绍兴黄酒用红曲米发酵，酒体透光率稳定在18-22%之间，而江淮米酒用普通酒曲发酵，透光率能达到25-28%。