酸奶现在主要用塑料瓶、利乐包和玻璃瓶装，灌装方式分三种：常温灌装、巴氏杀菌灌装和超高温灭菌灌装。常温灌装保质期最短，巴氏杀菌灌装要冷藏保存，超高温灭菌灌装能常温放一个月。

因为现在超市酸奶大部分是巴氏杀菌灌装的，所以包装选利乐包最多见。利乐包能锁住氧气，材料成本比塑料瓶低20%，前年行业报告说国内利乐包市占率超60%。巴氏杀菌酸奶保质期只有7-14天，所以必须用利乐包这种真空包装，避免氧化变质。超高温灭菌的酸奶占10%，因为要耐高温，所以多用玻璃瓶或厚塑料瓶装。比如蒙牛纯甄、光明优酸乳都是利乐包装，而蒙牛特仑苏用利乐枕装，而某些进口酸奶用玻璃瓶装。但不管哪种灌装，包装前都会经过巴氏杀菌，只是灭菌后是否继续灌装分两派：超高温灭菌派直接灌装，巴氏杀菌派先杀菌再灌装。