蝙蝠颜色多样，灰褐、棕褐、黑褐最常见，还有白化个例。不同种类颜色差异大，比如夜蝠灰褐色，果蝠带棕斑，埃及果蝠偏深棕，少数白化蝙蝠像雪鼠。

灰褐色蝙蝠最普遍，占全球种类70%以上。白化蝙蝠全球不足0.1%，多因基因突变或污染。深色蝙蝠多栖息阴森环境，如洞穴蝙蝠黑褐色占优。白化个例多在墨西哥、中国西南山区，2020年云南发现白化果蝠群，体长15厘米，毛色纯白。颜色差异与生存环境相关，深色保隐蔽，浅色利反光捕食。数据来自《世界蝙蝠志》和《中国哺乳动物志》，大前年统计显示灰褐色蝙蝠数量达1.2亿只，白化种仅存3000余只。