有些水母确实透明，比如箱水母和海月水母。它们的身体像果冻一样半透明或完全透明，能看到内部的消化循环系统，颜色比较浅，阳光照的时候能透出粉红色或淡蓝色。

这些水母透明主要因为身体结构特殊。它们的体表细胞数量少，每平方厘米约200万个，而且没有色素细胞，只有发光细胞和感觉细胞。比如箱水母的伞状体只有0.5毫米厚，中间是半透明的胶质层，里面只有神经网和消化器官。科学家用显微镜观察发现，透明水母的体壁透光率能达到85%以上，比普通水母高3倍。当光线穿过时，只有少量被吸收，大部分直接透过去，所以看起来像玻璃球。不过遇到强光或污染时，它们的透明度会下降30%左右，这时候就能看到浅黄色或灰白色了。